최종 후보인 크리스티아누 호날두(레알 마드리드)와 안드레스 이니에스타(바르셀로나)를 제쳤다.
선수가 누릴 수 있는 최고 영예 가운데 하나로 꼽힌다.
아르헨티나 출신 골잡이 메시는 이날 수상으로 2009년부터 FIFA-발롱도르 4연패를 달성했다.
메시는 전신인 FIFA '올해의 선수'까지 포함할 때 발롱도르를 가장 많이 받은 선수가 됐다.
메시는 "팀의 타이틀이 더 중요하기 때문에 올해가 나의 최고의 해라고 할 수 없다"고 말했다.
그러면서 스페인 프리메라리가, 코파델레이(국왕컵), 유럽축구연맹(UEFA) 챔피언스리그를 제패하는 데 주력하겠다고 덧붙였다.
메시의 발롱도르 4연패는 일찌감치 예견됐다.
축구의 꽃인 골을 워낙 많이 터뜨려 다른 최종 후보인 호날두, 이니에스타보다 활약상이 두드러졌기 때문이다.
메시는 2012년에 91골을 터뜨려 게르트 뮐러(독일)가 1972년에 세운 한 해 최다골 기록을 깼다.
이니에스타는 스페인 대표팀, 바르셀로나에서 패스 마스터로 활약해 많은 지지를 받았으나 메시의 소나기 골을 넘지 못했다.
FIFA-발롱도르는 축구 전문지 프랑스풋볼이 주던 발롱도르와 FIFA가 뽑던 '올해의 선수'가 2010년 통합돼 제정됐다.
한편 올해의 감독상은 스페인을 올해 유럽선수권대회 우승으로 이끈 비센테 델 보스케 감독에게 돌아갔다.
FIFA와 국제축구선수협회(FIFAPro)가 뽑는 월드 베스트일레븐은 모두 프리메라리가에서 뛰는 선수로 채워져 스페인 축구의 전성시대를 알렸다.
또 FIFA '올해의 여자 선수'에는 미국 대표팀의 최전방 스트라이커 애비 웜바크가 선정됐다.
◇ FIFA-FIFAPro 월드 베스트 일레븐
▲ 공격수 = 리오넬 메시(바르셀로나·아르헨티나) 크리스티아누 호날두(레알 마드리드·포르투갈) 라다멜 팔카오(아틀레티코 마드리드·콜롬비아)
▲ 미드필더 = 사비 에르난데스 안드레스 이니에스타(이상 바르셀로나·스페인) 사비 알론소(레알 마드리드·스페인)
▲ 수비수 = 다니 알베스(바르셀로나·브라질) 세르히오 라모스(레알 마드리드·스페인) 헤라르드 피케(바르셀로나·스페인) 마르셀루(레알 마드리드·브라질)
▲ 골키퍼 = 이케르 카시야스(레알 마드리드·스페인)